【病態生理・ゲノム機能学研究室】リンク公開
☆ [病態生理・ゲノム機能学研究室] でよく使う研究関連ページのリンク集です。
2020年4月1日に情報更新しています。
生物系実習用 統合データベース 解析ツール 文献検索・学習 学会・研究助成
| ☆ 生物系実習のバイオインフォマティクス演習 ［１］～［８］について、エストロゲン受容体１［ESR1］の遺伝子で練習してみよう！ |
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|---|---|
| ［１］UCSCゲノムブラウザー を用いて、ヒト、ラット、マウス、ゼブラフィッシュについてのmRNA塩基配列、及び、タンパク質アミノ酸配列を抽出してみよう。［UCSCチュートリアル] → 【提出ﾌｧｲﾙ１】 ［２］ClastalW を用いて、ヒト、ラット、マウス、ゼブラフィッシュの生物種間において、mRNA、及び、タンパク質の相同性を評価し、機能的なドメイン領域を予測してみよう。さらに、有根系統樹を作成して進化的距離を調べてみよう。 → 【提出ﾌｧｲﾙ２】 ［３］ヒトのmRNAの塩基配列をもとに、イントロン領域を挟むように逆転写PCR用プライマーを２つ設計し、BLAT を用いて配列特異性、及び、ゲノム上の位置を確認してみよう。 → 【提出ﾌｧｲﾙ２】 ［４］KEGG pathway を用いて、遺伝子を代謝経路にマップしてみよう。さらに、薬物標的遺伝子(+drug)や疾患関連遺伝子(+Disease)を代謝経路にマップしてみよう。 ［５］ある遺伝子について、ExAC Browser を用いて、遺伝的バリアントの多様性を調べてみよう。Upstream、5’UTR、エキソン、イントロン、3’UTR、Downstream の多型の種類や、その頻度を確認してみよう。 ［６］ある遺伝子について、Bio GPS を用いて、ヒトにおける組織発現分布を調べてみよう。 ［７］ある遺伝子や薬剤について、PubMed 、 Google Scholar 、Bibgraph を用いて文献情報を集めてみよう。 ［８］統合TV を用いて、生命科学に関する様々なデータベースやツールの活用法を学んでみよう。 |
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| ☆UCSC Genome Bioinformatics | ENCODEおよびNeandertal プロジェクトより得られたゲノム配列の統合データベース。多くの哺乳類ゲノムのドラフトシークエンスをカバー。遺伝子の構造と機能、選択的スプライシングバリアント、各種転写因子のChIP-seq解析、H3K27Acレベルの解析、DNase Clusters解析、ヌクレオソームマッピング解析、CpGアイランド、動物種間の配列相同性、一塩基多型など、多様なデータが関連付けされている。 |
| ☆ClustalW | 複数の塩基配列またはアミノ酸配列の情報を用いて、多重アライメントおよび系統樹（近隣結合法、Neighbor-Joining法）を作成するプログラム。DDBJ（DNA Data Bank of Japan）が提供している日本語版サイトは、こちらから→「ClustalW」。現在は、マルチプルアライメントの性能が向上した「Clastal omega」が提供されている。 |
| ☆BLAT (BLAST-like aligment Tool) |
塩基配列（アレイ解析などで発現変動していた遺伝子に対するプローブ配列、プライマーやプローブ設計をする際の配列など）がゲノム上のどこに該当するかを検索できる。UCSCが提供。 |
| ☆BLAST (Basic Local Aliment Search Tool) |
塩基配列またはアミノ酸配列のホモロジー（相同性）を検索するツール。Nucleotide BLAST、Protein BLAST、Blastx、Blastnや、遺伝子特異的プライマーを設計支援するPrimer-BLASTなどがNCBIから提供されている。DDBJ（DNA Data Bank of Japan）からは「BLAST」が日本語でも提供されている。 |
| ☆KEGG (Kyoto Encyclopedia of Gene and Genomes) |
代謝マップ、ゲノム、遺伝子、酵素、化合物、糖鎖、医薬品などの多様な情報が網羅的に提供されている。一部、日本語で提供。 |
| ☆ExAC Browser (Exome Aggregation Consortium) |
さまざまな祖先をもつ6万人以上のヒトのタンパク質コード領域の塩基配列解読データをまとめたデータベース。遺伝的バリアントの多様性について解析されており、臨床的解釈や疾患関連遺伝子の発見につながるデータベースである。 |
| ☆Bio GPS | Affymetrix社製のマイクロアレイを用いた、ヒト、マウス、ラットのさまざまな細胞や組織（ヒト2111種、マウス27種、ラット9種）における遺伝子発現量の測定結果が閲覧可能。The Scripps Reseach Institute（TSRI）が管理・運用。 |
| ☆PubMed – NCBI | 米国国立医学図書館が運営する学術文献検索サービス。 |
| ☆Google Scholar | Googleの提供するサービス。主に学術用途での利用を対象としており、論文、学術誌、出版物などから検索される。「 Standing on the shoulders of giants ! 」 |
| ☆Semantic Scholar | Semantic Scholarは米国のアレン人工知能研究所（Allen Institute for AI：AI2）が開発する学術文献検索サービス。本検索サービスの特長は、人工知能（AI）技術、特に機械学習によって論文から意味やつながりを抽出することで、各利用者の研究に最も関連がある論文の発見や理解を支援している。 |
| ☆Bibgraph | Bibgraph（ビブグラフ）は、「PubMed」「J-STAGE」「CiNii」を日本語で横断検索できる、医師向け医学論文検索ポータル。PubMedでの論文検索では、タイトルとアブストラクトが日本語に自動翻訳される。 |
| ☆統合TV | 生命科学データベースやツールの活用術を動画（日本語・英語）で解説。ゲノム・核酸配列解析、タンパク質配列・構造解析、発現制御解析などの解説動画が豊富。情報解析の初心者にはとてもお勧め。 |
| ゲノム・遺伝子情報の統合データベース | |
|---|---|
| ☆UCSC Genome Bioinformatics | ENCODEおよびNeandertal プロジェクトより得られたゲノム配列の統合データベース。多くの哺乳類ゲノムのドラフトシークエンスをカバー。遺伝子の構造と機能、選択的スプライシングバリアント、各種転写因子のChIP-seq解析、H3K27Acレベルの解析、DNase Clusters解析、ヌクレオソームマッピング解析、CpGアイランド、動物種間の配列相同性、一塩基多型など、多様なデータが関連付けされている。 |
| ☆Gene Cards ・ GenesLikeMe |
ヒトの遺伝子と転写産物を対象とした統合データベース。遺伝子構造や機能、トランスクリプトーム、プロテオーム、翻訳後修飾、プロモーター領域の転写調節エレメント、CpGメチル化、リガンド、生体内パスウェイにおける位置づけ、in situ解析、細胞内局在、他の脊椎動物とのオルソログ、一塩基多型、関連論文、さらには解析に用いるためのPCRプライマー、抗体、siRNAなどの情報も提供されている。加えて、「GenesLikeMe解析ツール」によって、パラログ、機能ドメイン、パスウェイ、発現パターン、表現型、機能障害、局在などの属性について、類似度の高い遺伝子をリストアップすることができる。 |
| H-InvDB (Annotated Human Gene DB) |
ヒトの遺伝子と転写産物を対象とした統合データベース。遺伝子構造、機能性RNA、タンパク質の機能、機能ドメイン、代謝経路、立体構造、細胞内局在、疾患との関連、遺伝子多型、オルソログ、発現プロファイル、タンパク質間相互作用などのアノテ―ション情報が提供されている。一部、日本語で提供されている。 |
| ExPASy (Bioinformatics Resource Portal) |
Swiss Institute of Bioinformaticsの提供しているサイト。遺伝子解析ツールの他に、プロテオミクス情報が豊富にある。タンパク質の性質、ホモロジー、二次元電気泳動パターン、翻訳後修飾予測、タンパク質のアミノ酸配列からプロテアーゼ処理断片の質量予測(PeptideMass)などが提供されている。 |
| EMBL-EBI (European Molecular Biology Laboratory) |
遺伝子の構造、発現、タンパク質の機能、立体構造、疾患への関与、関連文献など、多様な情報が提供されている。欧州が運営。 |
| DDBJ (DNA Data Bank of Japan) |
DDBJは、生命科学の研究活動をサポートするための国際塩基配列データベースを協同運営する INSDC (International Nucleotide Sequence Database Collaboration) の一員であり（他に、米国NCBI、欧州EMBL-EBI）、塩基配列データを収集。日本が運営。 |
| UniProt (Universal Protein Resource) |
UniProtは、タンパク質配列およびアノテーションデータの包括的なリソースであり、UniProtKB、UniRef、およびUniParcから構成される。 UniProtコンソーシアムとEMBL-EBI、SIB、PIRが、UniProtデータベースを運営。 |
| ☆KEGG (Kyoto Encyclopedia of Gene and Genomes) |
代謝マップ、ゲノム、遺伝子、酵素、化合物、糖鎖、医薬品などの多様な情報が網羅的に提供されている。一部、日本語で提供。 |
| KEGG MEDICUS |
疾患・医薬品・環境物質など社会的ニーズの高いデータを、ゲノム情報を基盤とした生体システム情報として統合したリソース。とくに日本と米国の医薬品添付文書を「KEGG DRUG」や「KEGG DISEASE」と統合し、医療従事者や一般の人々にも有用な情報が提供されている。医療用医薬品についてのバイオマーカー、ターゲット分子、代謝酵素などの情報の他に、一般用医薬品のリスク区分、スイッチOTC、添加物、漢方・生薬の効能なども提供されている。「KEGGお薬手帳」との情報連携もされている。 |
| Gene Reviews Japan |
遺伝性疾患の症状や診断、遺伝学的検査（遺伝子検査など）、遺伝カウンセリングなどについて、専門家による解説が参照できる医療スタッフ向けの遺伝性疾患情報サイト。臨床遺伝医学に関する総合情報サイトGeneTestsのセクションのひとつとして公開されている。日本語での提供。英語版の「GeneReviws」 |
| ClinVar | 病因を考えるうえで意義があるバリアントを収集してある。単一遺伝子疾患にかかわるバリアントとその表現型に関する情報がおもに掲載されている。ClinGenコンソーシアムが立ち上げられ、臨床検査施設などに蓄積されている情報を共有して、医療にいかしていこうというデータシェアリング活動の一環でClinVarが開発されており、各バリアントについて「Pathogenic」かどうかの注釈が付けられている。 |
| COSMIC (Catalogue of somatic mutations in cancer) |
癌でみられる体細胞変異の情報を収集しているデータベース。例として、肺がんに関わる遺伝子変異「EGFR p.S768I」を検索してみよう。EGFR遺伝子変異は保険収集されており、EGFR遺伝子変異タイプとEGFRチロシンキナーゼ阻害薬の効果関係がわかる。 |
| PolyPhen-2 (Polymorphism Phenotyping v2) |
遺伝子の配列バリアントがタンパク質の機能に影響を及ぼすかをコンピューター予測するサイト。各配列バリアントのナンセンス変異やミスセンス変異などが、機能に影響を及ぼすかを推測するのに用いる。 |
| ☆ExAC Browser (Exome Aggregation Consortium) |
さまざまな祖先をもつ6万人以上のヒトのタンパク質コード領域の塩基配列解読データをまとめたデータベース。遺伝的バリアントの多様性について解析されており、臨床的解釈や疾患関連遺伝子の発見につながるデータベースである。 |
| JCGGDB (Japan Consortium for Glycobiology and Glycotechnology DataBase) |
糖鎖関連遺伝子、糖鎖欠損動物、糖鎖関連疾患、糖鎖構造分析、糖鎖関連分化マーカー、糖タンパク質など糖鎖科学の統合データベース。日本語でも提供。 |
| MITOMAP (A human mitochondrial genome database) |
ヒトミトコンドリアのゲノムデータベース。ミトコンドリアの遺伝子多型、バリアント、変異などを提供している。一般的にヒトミトコンドリアゲノムには、２個のリボソームRNA、２２個のトランスファーRNA、そして１３個のタンパク質をコードする遺伝子の情報をもっている。 |
| Codon Usage Database | コドンユーセージのデーターベース。35799種の生物（原核生物、真核生物、クロロプラスト、ミトコンドリアなど）に関して、コドンの使用頻度が数値化されている。かずさＤＮＡ研究所が提供。 |
| PHAROS | 創薬ターゲットの分子として、Gタンパク質共役型受容体、イオンチャネル、キナーゼ、核内受容体、その他の遺伝子などへ作用する化合物へアクセス可能な統合データベース。NIHが提供。 |
| KampoDB | 漢方薬のデータベース。漢方薬と生薬を解析し、それらの成分化合物の標的タンパク質や標的経路を探索でき、漢方薬の未知の作用機序や適応可能疾患を網羅的に予測できる。ケモバイオインフォマティクス解析により、ドラッグ・リポジショニングのための作用機序や適応可能疾患が予測できる。富山大学和漢医薬学総合研究所が提供。 |
| MassBank | 高分解能マススペクトルのデータベース。日本質量分析学会の公式データベース。部分化学構造式での検索、代謝物の同定、データベース上にある全てのスペクトルの階層表示などを提供。福山大学からも、マススペクトルデータを提供しています。 |
| GOLD (Genome OnLine Database) |
ゲノム全配列が解読された生物の一覧。 |
| MBGD (MicroBial Genome Database) |
ゲノム全配列が解読された微生物のゲノムデータベース。 |
東北メディカルメガバンク機構 (ToMMo) |
ToMMoは、未来型医療を築いて東日本大震災被災地の復興に取り組むために作られ、「個別化医療」と「個別化予防」の発展を目指している。一人ひとりの体にあった治療と病気にかかりにくい生活スタイルを提案するために、一人ひとりの体質（ゲノム情報）と生活習慣や環境などの組み合わせに関する地域住民コホート調査や三世代コホート調査などを実施している。収集した生体試料や情報（ゲノム解析、多層オミックス解析など）を研究リソースとして管理し、分譲もおこなっている。 |
| jMorp (the nonprofit plasmid repository) |
jMorp（日本人多層オミックス参照パネル）は東北メディカル・メガバンク機構が作成・運用しているデータベースで、大規模な人数の血漿中の代謝物を調べるメタボローム解析や、タンパク質を調べるプロテオーム解析の結果を総合し、各代謝物やタンパク質の分布や頻度情報などがまとめられている。原著論文：jMorp: Japanese Multi Omics Reference Panel |
| UK Biobank | UK Biobankは、遺伝的素質やさまざまな環境曝露（栄養、生活様式、薬物療法など）が疾患に対して与える影響を調査、イギリスの長期大規模バイオバンク研究。 |
| All of US Research Program | All of Us Research Programは、世界が個別化医療に向けた取り組みを行っている中で、米国（NIH）において2015年にオバマ大統領が精密医療（PMI）に向けた多様な健康データベースの構築のために、100万人超規模の人種等多様性を反映した全米リサーチコホートを構築、医療・健康に関する研究開発を加速、展開。 |
| addgene (the nonprofit plasmid repository) |
非営利のプラスミド保管センター。ゲノム編集、蛍光タンパク質発現、siRNA発現、薬剤耐性遺伝子カセットなどに関わる多くのプラスミドが保管されている。各プラスミドの論文データも閲覧可能。 |
| RIKEN-BRC | 理化学研究所のバイオリソースセンター。実験動物、実験植物、細胞材料、遺伝子材料、微生物材料を収集・保存・提供。 |
| NBRP Rat (the National BioResource Project for the Rat) |
ナショナルバイオリソースプロジェクト「ラット」。リソースの系統検索が可能。各系統の由来、表現型、病態、原因遺伝子、特性、参考文献の情報も提供されている。NBRPの総合サイト。 |
| Sagace | サガスは、国内の医学・生命科学データと生物資源をさがすための横断型検索システム。遺伝子発現量やプロテオミクスなどのデータや、疾患モデルマウスや培養細胞などの生物資源を、国内データベースから検索することができる。医薬基盤研究所により、構築・運用されている。 |
| 遺伝子解析ツール | |
|---|---|
| ☆ECRbase (Evolutionary Conserved Region database) |
脊椎動物における生物種間のゲノム配列を比較して、進化的保存領域が検索できる(ECR browser)。進化過程における遺伝子座の構成の保存性（シンテニー）も解析できる。進化過程で保存されたゲノム上の領域をもとに、遺伝子構造や転写調節の機能に関わる塩基配列を推測できる。 |
| ☆ClustalW | 複数の塩基配列またはアミノ酸配列の情報を用いて、多重アライメントおよび系統樹（近隣結合法、Neighbor-Joining法）を作成するプログラム。DDBJ（DNA Data Bank of Japan）が提供している日本語版サイトは、こちらから→「ClustalW」。現在は、マルチプルアライメントの性能が向上した「Clastal omega」が提供されている。 |
| T-Coffee | 複数の塩基配列またはアミノ酸配列の情報を用いて、多重アライメントを作成するプログラム。相同性の高い領域や低い領域が表示される。相同性が30%以下の低い場合でもアライメントができる。 |
| ☆Jalview | 複数の塩基配列またはアミノ酸配列の情報を用いて、多重配列アライメントが作成できる。さらに、アライメントデータを編集することも可能。 |
| ☆BLAST (Basic Local Aliment Search Tool) |
塩基配列またはアミノ酸配列のホモロジー（相同性）を検索するツール。Nucleotide BLAST、Protein BLAST、Blastx、Blastnや、遺伝子特異的プライマーを設計支援するPrimer-BLASTなどがNCBIから提供されている。DDBJ（DNA Data Bank of Japan）からは「BLAST」が日本語でも提供されている。 |
| ☆BLAT (BLAST-like aligment Tool) |
塩基配列（アレイ解析などで発現変動していた遺伝子に対するプローブ配列、プライマーやプローブ設計をする際の配列など）がゲノム上のどこに該当するかを検索できる。UCSCが提供。 |
| ☆GGRNA | GGRNA（ぐぐるな）は、遺伝子や塩基配列の情報をもとにNCBI_RefSeqの転写産物情報の中から生物種を指定して検索できる。ゲノム上の塩基配列の検索には、GGGenome（ゲゲゲノム）がおすすめ、ギャップを考慮して検索できる。 |
| ☆Nucleic and/or Amini Acid contents |
塩基配列のGC含量、アミノ酸配列の分子量や電荷の推定、またA280によるタンパク質濃度の計算が可能。 |
| The BioToolKit | BioSupplyNetが提供する研究用解析ツールのリンク集。核酸、ゲノム、タンパク質構造、ニューロインフォマティクスの大項目から選択し、さらに下の細分化した項目が選択可能。 |
| ☆JSNP (Japanese Single Nucleotide Polymorphisms) |
日本人の標準的なSNP頻度情報。日本人の19万7000ヵ所の一塩基多型データにアノテーション（位置、アミノ酸置換、疾患や薬の副作用の情報など）が付加されている。 |
| MalaCards (human disease database) |
特定遺伝子に関連する疾患についてリストアップできる。また、それらの疾患に関わる遺伝子群についてもリストアップできる。 |
| SZGene (Schizophrenia Gene) |
統合失調症に関連する遺伝子群の情報サイト。その他に、アルツハイマーに関連する遺伝子群（AlzGene）、筋委縮性側索硬化症に関連する遺伝子群（ALSGene）、多発性硬化症に関連する遺伝子群（MSGene）、パーキンソン病に関連する遺伝子群（PDGene）についての情報も提供されている。 |
| PSORT WWW Server | タンパク質のアミノ酸配列から、細胞内局在を予測。 |
| SOSUI system | タンパク質のアミノ酸配列から、疎水性の物理化学的性質をもとに膜貫通領域を予測。（Hirokawa et al. 1998） |
| TMHMM | タンパク質のアミノ酸配列から、膜貫通領域を予測。（Krogh et al. 2001） |
| SignalP | タンパク質のアミノ酸配列から、シグナルペプチド切断部位の存在と位置を予測。 |
| Xfam (X families database) |
Pfamというタンパク質ドメインファミリーのデータベースや、RfamというRNA配列ファミリーのデータベース、DfamというDNA配列ファミリーのデータベース、iPfamというタンパク質ドメインと相互作用するリガンドのデータベース等、様々なファミリーの配列やキーワードによる検索が可能。 |
| ☆TaKaRa Cut-Site Navigator | TaKaRa Bioが提供、制限酵素認識配列の検索ツール。特定の制限酵素を指定して検索できる他に、付着末端や平滑末端タイプ、メチル化による切断可否も検索できる。 |
| imageJ | バンドやスポットを定量するためのソフトウェア。Windows、Mac、UNIXで動作可。日本語版。 |
| bioinformatics | Biopapyrusによるバイオインフォマティクスのリンク集。日本語。 |
| オーム解析、NGS解析 | |
|---|---|
| ☆Bio GPS | Affymetrix社製のマイクロアレイを用いた、ヒト、マウス、ラットのさまざまな細胞や組織（ヒト2111種、マウス27種、ラット9種）における遺伝子発現量の測定結果が閲覧可能。The Scripps Reseach Institute（TSRI）が管理・運用。 |
| ☆CDT-DB (Cerebellar Development Transcriptome-Database) |
マウス小脳発達に関する研究のために、トランスクリプトーム解析の情報を提供。各遺伝子の時間的変化（E18、P7、P14、P21、P56）および組織分布(Brain、Thymus、Lung、Heart、Liver、Spleen、Kidney、Testis)、全脳と小脳におけるin situハイブリダイゼーション解析の結果が公開されている。RIKEN Brain Science Instituteが提供。 |
| H-DBAS (Human-transcriptome DataBase for Alternative Splicing) |
ヒトの選択的スプライシングデータベース。ヒト・マウス・ラット・チンパンジー・アカゲザル・イヌの６生物種から成る８つのデータセットから、代表的な選択的スプライシングバリアントを同定して公開している。ヒトのSNPが登録されており、スプライスサイトやスプライスモチーフに存在する多型の観察も可能。 |
| Human Proteome Map | ヒトプロテオームのドラフトマップを提供。Fetal tissues（Heart、Liver、Gut、Ovary、Testis、Brain、Placenta）、Adult tissues（Frontal cortex、Spinal cord、Urinary Bladder、Heart、Adrenal gland、Gallbladder、Pancreas、Esophagus、Prostate、Liver、Ovary、Testis、Lung、Kidney、Colon、Rectum、Retina）、Hematopoietic cells（B cell、CD4+ T cell、CD8+ T cell、NK cell、Monocytes、Platelets）の正常細胞におけるプロテオーム解析（LC-MS/MS）の結果が提供されており、自身が調査したい遺伝子の他に各遺伝子ファミリーや各経路などに絞った遺伝子群についてのタンパク質の発現量を網羅的に表示できる。 |
| EpiTect ChIP-qPCR Primers | QIAGENが提供、ChIP-qPCRに関する解析ツール。生物種は、ヒト、マウス、ラット。 |
| Reactome | ヒトを中心としたパスウェイデータベース。酵素による代謝反応に加えて、複合体形成や活性化/阻害などの制御情報、シグナルパスウェイ情報も含む。また、ヒトとモデル生物間でのパスウェイ比較が可能。 |
| ☆Maser (Management and Analysis System for Enormous Reads) |
Maserは、次世代シーケンサー(NGS)から出たデータを解析するためのWEBベースの解析環境。 解析パイプラインは、RNA-Seq、リシーケンス、ChIP-Seq、Bisulfite-Seq、ゲノムアセンブリ、メタゲノム解析、CAGE解析等に用いられるアカデミックツールが実装されている。マニュアルページ。 |
| Integrative Genomics Viewer | IGVゲノムビューアー。次世代シーケンサーから出力されるデータなどの可視化に用いる。ローカルエリアでの操作が可能で、ゲノム間の比較もできる。 |
| Transcriptional Factor | |
|---|---|
| ☆DBTSS (DataBase of Transcription Start Sites) |
ヒト遺伝子の転写開始点データベース。各種のヒト培養細胞などを用いたEST解析の結果をゲノム上にマッピングし、選択的プロモーターを表示できる。遺伝子名やSNPから転写開始点近傍の配列を検索することができ、regulatory SNPの予測ができる。また、転写因子の結合配列を転写開始点近傍に絞ってゲノムワイド検索でき、標的遺伝子候補の選出ができる（Serch by TF Binding Site）。一部、日本語で提供されている。 |
| JASPAR (The high-quality transcription factor binding profile database) |
真核生物の転写制御配列のデータベース。あるDNA配列群に対して、転写因子の結合配列モチーフを抽出できる。また、各転写因子についての結合配列モチーフを表示できる。データもとはTRANSFAC等。 |
| MelinaⅡ | プロモーター領域のDNA配列群に対して、転写因子の結合配列モチーフを抽出できる。モチーフ抽出のアルゴリズムとして、「CONSENSUS」、「☆ MEME」、「Gibbs Sampler」、「MDscan」、「Weeder」を使用。転写因子データは、「DBTBS」や「JASPAR」を使用。 |
| TFSEARCH (Transcriptional Factor Search) |
転写因子が結合するDNA塩基配列の部位を検索できる。脊椎動物、節足動物、植物、酵母のいずれかに絞って、転写因子を検索できる。 |
| ☆TFBIND (Transcriptional Factor BINDing) |
TRANSFACデータベースの情報を用いており、転写因子が結合するDNA塩基配列の部位を検索できる。 |
| ☆TFsitescan (Transcriptional Factor site scan) |
TRANSFAC及びJASPEのデータベース情報を用いており、転写因子が結合するDNA塩基配列の部位を検索できる。Mammalian、Yeast、Avian、Drosophila、Plant、Amphibian、Prokaryoticの各生物種の転写因子に絞って検索が可能。 |
| ChEA (ChIP Enrichment Analysis) |
様々な細胞における各種転写因子のChIP解析の結果が提供されている。転写因子のターゲット候補の選定にも利用できる。 |
| ☆PEDB (Mammalian Promoter/Enhancer Database) |
哺乳類遺伝子の転写開始領域におけるプロモーター／エンハンサーの情報が提供されている。各遺伝子のGene Symbolや、RefSeqID、Functionなどのキーワードから検索可能。動物種は、ヒト、マウス、ラット。 |
| ☆CONREAL (CONserved Regulatory Elements anchored ALignment) |
TRANSFAC及びJASPEのデータベース情報を用いて、2種生物のDNA配列の相同性を比較解析することで、転写制御領域を予測できる。アライメントソフトには、CONREAL、LAGAN、MAVID、BLASTZを用いることができる。 |
| TFdb (Riken Transcription Factor Database) |
マウスの転写調節因子群の遺伝子に特化した情報を提供。RIKEN Genomic Sciences Centerが提供。 |
| CRISPR/Casシステム | |
|---|---|
| ☆PITCh designer 2.0 | CRISPR/Casゲノム編集技術を応用したPITCh（Precise Integration into Target Chromosome：標的染色体領域への正確な遺伝子挿入）システムによるノックアウトの際のsgRNAとドナーが設計できる。ノックアウトさせたい領域のFASTA配列、リードフレーム、PAM配列、ゲノム情報の生物種、ノックインカセット（EGFP2APuroR-polyA、あるいはCMV-EGFP2APuroR-polyA）などを指定することで、自動設計できる。 |
| ☆COSMID (CRISPR Search with Mismatches, Insertions and/or Deletions) |
CRISPER/Cas9のオフターゲット切断の候補を、塩基のミスマッチに加えて、欠失や挿入についても検索可能で、スコアでランキングされる。スコアが低い（0.5以下）サイトは、切断される可能性が高い。検索対象の生物種は、ヒト、ラット、マウス、アカゲザル、ゼブラフィッシュ、線虫など。 |
| ☆CRISPR gRNA Design tool | 細菌の獲得免疫機構に由来する「CRISPR/Cas (clustered regularly interspaced short palindromic repeats / CRISPR-associated genes)システム」でゲノム編集をする際の「single guide RNA」を設計するツール。遺伝子名あるいは塩基配列を直接入力して「sgRNA」を設計できる。PAMを、NGGあるいはNAGに設定可能。野生型Cas9、または、変異型Cas9D10AのNickaseの選択が可能、ヌクレアーゼ失活変異型dCas9系にも応用可能。標的遺伝子の第１エクソンに絞った検索も可能。gRNAのバリアント特異性やoffset効果についても考慮できる。生物種は、ヒト、マウス、酵母、大腸菌、シロイヌナズナ。 |
| CRISPR design Tools | CRISPRをデザインするためのTool集。ZiFit Targeter（CRISPR/Casの他に、TALEN、Zinc Finger Nucleaseなどのシステムにも対応） 、CRISPR direct、fly CRISPR、E-CRISP、Cas9 Online Designer etc.。 |
| microRNA | |
|---|---|
| ☆ncRNA.org | microRNAの標的遺伝子を予測。miRNA Taget Databaseとして、miRanda、miRBase、miRNAMap、TarBase、microInspector、PicTar、TargetScanS、RNAhybrid、miRNA、DIANA MicroTestが利用可能。 |
| microRNA.org | microRNAの標的遺伝子を予測、特定遺伝子を標的として制御するmicroRNAを予測。生物種は、ヒト、マウス、ラット、キイロショウジョウバエ、線虫。 |
| TargetScan | microRNAの標的遺伝子を予測。標的の信頼度の指標として、進化的保存性についてもランキング化される。生物種は、ヒト、マウス、ラット、イヌ、ニワトリ、チンパンジー、アカゲザル、ウシ、オポッサム、カエル。 |
| 文献検索・学習 | |
|---|---|
| ☆PubMed – NCBI | 米国国立医学図書館が運営する学術文献検索サービス。 |
| ☆Google Scholar | Googleの提供するサービス。主に学術用途での利用を対象としており、論文、学術誌、出版物などから検索される。「 Standing on the shoulders of giants ! 」 |
| ☆Semantic Scholar | Semantic Scholarは米国のアレン人工知能研究所（Allen Institute for AI：AI2）が開発する学術文献検索サービス。本検索サービスの特長は、人工知能（AI）技術、特に機械学習によって論文から意味やつながりを抽出することで、各利用者の研究に最も関連がある論文の発見や理解を支援している。 |
| ☆Bibgraph | Bibgraph（ビブグラフ）は、「PubMed」「J-STAGE」「CiNii」を日本語で横断検索できる、医師向け医学論文検索ポータル。PubMedでの論文検索では、タイトルとアブストラクトが日本語に自動翻訳される。 |
| ☆Mendeley | Mendeley（メンデレー）は、学術論文の管理とオンラインでの情報共有ができる無料の文献管理ツール。論文作成時に引用文献としての挿入が可能。パソコンにインストールして使う「デスクトップ版」と「Web版」を同期しながら使える。iOS（iPad、iPhone）、Androidにも対応。 |
| ScienceDirect | サイエンスダイレクト。エルゼビアが発行する科学・技術・医学・社会科学分野の電子ジャーナル等をフルテキストで閲覧可能。 |
| SciFinder | サイファインダーは、物質科学関連分野に強い情報検索ツール。論文・特許に加え、化学物質および有機化学反応、化学構造の情報を網羅的に検索できる。 |
| J-STAGE | 独立行政法人科学技術振興機構（JST）が運営する電子ジャーナルの無料公開システム。 (Japan Science and Technology Information Aggregator, Electronic) |
| CiNii | 国立情報学研究所が運営する学術論文や図書・雑誌などの学術情報データベース。日本の学術論文や博士論文の検索に優れている。 (Citation Information by NII) |
| 特許情報プラットフォーム | 特許庁へ出願後、公開・登録された特許を検索・閲覧できるデータベース。独立行政法人・工業所有権情報・研修館が運営。 |
| 福山大学付属図書館 | 福山大学付属図書館のトップページ。学外の方の図書館利用、本貸出も可能（学外の方へ）。特定非営利活動法人/医学中央雑誌刊行会が作成する国内医学論文情報のインターネット検索サービス「医中誌Web」の利用も可能。 |
| Springer Protocols.com | 分子生物学、分子医学、薬理学、毒性学、バイオテクノロジーなどの実験プロトコールが検索可能。 |
| ライフサイエンス辞書プロジェクト | ライフサイエンス用語の英和・和英辞書や英語教材などが提供されている。オンデマンド英語教材としても活用できる。変換サービスの「 E to J Vocabulary 」を利用すれば、英文中の医学英単語を一括で訳してくれる。 |
| ☆inMeXes | inMeXes（インメクセズ）は、英文中のある動詞に続く前置詞として相応しいものを検索でき、さらに具体的な利用例を表示できる。結果は、PubMed/MEDLINE中での出現頻度と共に表示される。英語論文の作成支援におすすめ。 |
| Allie | Allie（アリー）は、生命科学分野において利用されている英語の略語とその展開形を検索するサービス。 |
| ☆統合TV | 生命科学データベースやツールの活用術を動画（日本語・英語）で解説。ゲノム・核酸配列解析、タンパク質配列・構造解析、発現制御解析などの解説動画が豊富。情報解析の初心者にはとてもお勧め。 |
| Togo Picture Gallery | 生命科学分野のプレゼンなどで使える図のイラスト集。モデル生物、実験器具、実験装置、臓器、細胞などの図が無料で提供されている。 |
| バイオ研究 MegaLink | バイオ研究に関するオンラインプロトコール集。研究留学ネットが提供。 |
| Bio Technical フォーラム | バイオ研究に関する情報交換の場。研究留学ネットが提供。 |
| 日本の研究.com | 日本の研究課題を紹介。研究課題データは、独立行政法人 科学技術振興機構(JST)、独立行政法人 農業・食品産業技術総合研究機構、独立行政法人 日本学術振興会(JSPS)、独立行政法人 新エネルギー・産業技術総合開発機構(NEDO)、科学研究費助成事業(KAKEN)、厚生労働科学研究費、国立研究開発法人 医薬基盤・健康・栄養研究所 医薬基盤研究所(NIBIO)、国立研究開発法人日本医療研究開発機構(AMED)などから自動抽出および分類した情報を引用している。バイオインパクトが発信・公開している。 |
| ライフサイエンス新着論文レビュー First Author’s |
トップジャーナル（Nature、Nature姉妹誌、Sciense、Cell、Cell姉妹紙）に掲載された日本人を著者とする生命科学分野の論文を、著者自身の執筆により日本語で解説。大学共同利用機関法人-情報・システム研究機構から発信・公開されている。 |
| PDBj (Protein Data Bank Japan) |
タンパク質構造データバンクが提供。「今月の分子」を紹介するコーナーがあり、いま社会で話題となっている内容に関わる分子を選び、機能と構造に関して解説されている。 |
| IntegBio データベースカタログ |
生命科学系のデータベースのカタログ。データベースの一覧があり、キーワード検索が可能。 |
| ☆Dropbox | 無料オンラインストレージ。ファイルを保存して複数のパソコンやiPadなどで同期して閲覧や編集ができたり、他のユーザーと共有が可能。 |
| ☆firestrage | 容量無制限の無料オンラインストレージ。大容量データの送受信が可能、パスワード機能付き。ロジックファクトリー株式会社が提供。 |
| ☆PDF24 Tools | 無料のPDF編集オンラインツール。PDFに変換、PDFからWordに変換、PDFを統合、PDFを分割、PDFページを抽出、PDFへの注釈付けなどが可能。 |
| ☆Hi-pdf | 無料のPDF編集オンラインツール。PDFとWord・Excel・PPT・画像の相互変換、PDFを統合・分割・トリミング、PDFページの編集などが可能。 |
| ☆Video Converter | 無料の動画変換オンラインツール。2GBまでの「vobファイル」をアップロードして「mp4ファイル」等に変換可能。iPadやiPhoneで再生可能なファイル形式「mp4」に変換できる。 |
| ☆js-STAR XR | 無償の統計分析プログラムソフト。js-STAR（STatistical Analysis Rescuers）は、かんたんな操作により、すばやくデータ分析ができる。度数の分析、ｔ検定、分散分析、多変量解析、ノンパラメトリック法などの統計解析が可能。ブラウザ上で動作するため、Windowsでも、Macでも使用できる。ダウンロードして、オフラインでも使用できる。詳細な使用方法は、「js-STARの教科書」から学修可能。 |
| 学会・研究助成 | |
|---|---|
| 日本薬学会 | 公益社団法人-日本薬学会のトップページ。 (The Pharmaceutical Society of Japan) |
| 日本薬学会-中国四国支部 | 日本薬学会-中国四国支部のトップページ。 (Chugoku-shikoku Branch, The Pharmaceutical Society of Japan) |
| 高血圧関連疾患モデル学会 | 高血圧関連疾患モデル学会のトップページ。略称 SHR学会。 (Society for Hypertension Related Disease Model Reserch) |
| 日本動脈硬化学会 | 日本動脈硬化学会のトップページ。 (Japan Atherosclerosis Society) |
| 日本生化学会 | 公益社団法人-日本生化学会のトップページ。 (The Japanese Biochemical Society) |
| 日本分子生物学会 | 特定非営利活動法人-日本分子生物学会のトップページ。 (The Molecular Biology Society of Japan) |
| 日本農芸化学会 | 公益社団法人-日本農芸化学会のトップページ。 (Japan Society for Bioscience, Biotechnology, and Agrochemistry) |
| 日本ゲノム微生物学会 | 日本ゲノム微生物学会のトップページ。 (Society of Genome Microbiology, Japan) |
| 日本遺伝子分析科学同学院 | 日本遺伝子分析科学同学院のトップページ。遺伝子関連臨床検査の知識・技能を評価する遺伝子分析科学認定士制度（初級及び一級）の認定機関。 (College of Molecular Analysis of Japan) |
| 学会名鑑 | 学会名鑑のトップページ。 日本学術会議、公益財団法人 日本学術協力財団、国立研究開発法人 科学技術振興機構が連携して実施するデータベース。 |
| 海外学会情報 | 海外開催の学会情報カレンダー。 |
| ☆サイエンスポータル 研究助成 |
科学技術振興機構が運営するサイエンスポータルサイト。研究助成に関わる情報（分野、研究助成名称、募集締切、募集期間 etc.）のリストが公開されている。 |
| jREC-IN Portal |
科学技術振興機構が運営する研究者・研究支援者・技術者等の研究人材のキャリア形成・能力開発を支援する研究人材ポータルサイト。研究職を希望する求職者の情報と、産学官の研究・教育に関する求人公募の情報をデータベース化してあり、求職者と機関双方のニーズに応じた内容を検索・閲覧が可能。 |
☆ [病態生理・ゲノム機能学研究室] でよく使う研究関連ページのリンク集です。
2020年4月1日に情報更新しています。
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